蓝藻没有叶绿体。不具有叶绿体、线粒体、高尔基体、中心体、内质网和液泡等细胞器，细胞器是核糖体。含有叶绿素a、无叶绿素b、几种叶黄素和胡萝卜素，以及藻胆素。

蓝藻有叶绿体吗

大多数蓝藻呈蓝绿色，这是因为体内含有叶绿素与藻蓝素，由於还含有藻红素，常因个体老幼、生理状况及环境光质不同而呈红、黄、绿、褐、黑等丰富多变的颜色，也因此较其他生物更能有效利用光源以适应环境。体外普遍有着一层黏滑的胶质鞘，这种胶质鞘可保护蓝藻生长于不好的环境，忍受高温、冰冻、缺氧、乾涸及高盐度。

蓝绿藻没有有性生殖，其主要靠细胞直接分裂来增殖。有些丝状体则利用中空死细胞，由此断裂成数段，以增加数量。有些可生成异型细胞或厚壁孢子，其为一种内生孢子，可储藏养分或由此萌芽产生新个体。异型细胞有着固氮机制，可吸收空气中游离氮转化为有机物，增加土壤肥力。异型细胞的数量、位置常是蓝藻分类的重要特性。